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Merge branch 'delehef/master'
Wilfred Hughes
commit
9556cd978e
@ -0,0 +1,903 @@
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(
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(
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Drosophila_melanogaster,
|
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Caenorhabditis_elegans
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)
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,
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(
|
||||
(
|
||||
Ciona_intestinalis,
|
||||
Ciona_savignyi
|
||||
)
|
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,
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(
|
||||
(
|
||||
Eptatretus_burgeri,
|
||||
Petromyzon_marinus
|
||||
)
|
||||
,
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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(
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||||
Astyanax_mexicanus,
|
||||
Pygocentrus_nattereri
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Electrophorus_electricus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Ictalurus_punctatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cyprinus_carpio_carpio,
|
||||
Sinocyclocheilus_grahami
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Carassius_auratus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Danio_rerio
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Clupea_harengus,
|
||||
Denticeps_clupeoides
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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(
|
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(
|
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(
|
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(
|
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(
|
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(
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(
|
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(
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||||
Kryptolebias_marmoratus,
|
||||
Nothobranchius_furzeri
|
||||
)
|
||||
,
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||||
(
|
||||
(
|
||||
Fundulus_heteroclitus,
|
||||
Cyprinodon_variegatus
|
||||
)
|
||||
,
|
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(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Poecilia_latipinna,
|
||||
Poecilia_formosa
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Poecilia_reticulata
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Xiphophorus_maculatus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Oryzias_javanicus,
|
||||
Oryzias_melastigma
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Oryzias_latipes,
|
||||
Oryzias_sinensis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Maylandia_zebra,
|
||||
Astatotilapia_calliptera
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Pundamilia_nyererei
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Haplochromis_burtoni
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Neolamprologus_brichardi
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Oreochromis_niloticus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Amphilophus_citrinellus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Amphiprion_percula,
|
||||
Amphiprion_ocellaris
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Acanthochromis_polyacanthus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Stegastes_partitus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cynoglossus_semilaevis,
|
||||
Scophthalmus_maximus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Seriola_dumerili,
|
||||
Seriola_lalandi_dorsalis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Lates_calcarifer
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Anabas_testudineus,
|
||||
Betta_splendens
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mastacembelus_armatus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cyclopterus_lumpus,
|
||||
Gasterosteus_aculeatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Cottoperca_gobio,
|
||||
Sander_lucioperca
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Larimichthys_crocea,
|
||||
Dicentrarchus_labrax
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sparus_aurata
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Labrus_bergylta
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Tetraodon_nigroviridis,
|
||||
Takifugu_rubripes
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Hippocampus_comes
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Myripristis_murdjan
|
||||
)
|
||||
,
|
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Gadus_morhua
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Oncorhynchus_kisutch,
|
||||
Oncorhynchus_tshawytscha
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Oncorhynchus_mykiss
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Salmo_salar,
|
||||
Salmo_trutta
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Hucho_hucho
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Esox_lucius
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Scleropages_formosus,
|
||||
Paramormyrops_kingsleyae
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Lepisosteus_oculatus
|
||||
)
|
||||
,
|
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Erpetoichthys_calabaricus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Leptobrachium_leishanense,
|
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Xenopus_tropicalis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
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|
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Erinaceus_europaeus,
|
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Sorex_araneus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Rhinolophus_ferrumequinum,
|
||||
Myotis_lucifugus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Pteropus_vampyrus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Equus_caballus,
|
||||
Equus_asinus_asinus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Ovis_aries_reference_breed,
|
||||
Capra_hircus_reference_breed
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Bos_indicus_x_Bos_taurus,
|
||||
Bos_taurus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Bos_mutus,
|
||||
Bos_grunniens
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Bison_bison_bison
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Moschus_moschiferus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Cervus_hanglu_yarkandensis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Monodon_monoceros,
|
||||
Delphinapterus_leucas
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Phocoena_sinus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Tursiops_truncatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Physeter_catodon
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Balaenoptera_musculus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Sus_scrofa_breed_jinhua,
|
||||
Sus_scrofa_breed_meishan
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sus_scrofa_breed_rongchang
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sus_scrofa_breed_tibetan
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sus_scrofa_breed_bamei
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sus_scrofa_breed_wuzhishan
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Sus_scrofa_reference_breed,
|
||||
Sus_scrofa_breed_usmarc
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Sus_scrofa_breed_hampshire,
|
||||
Sus_scrofa_breed_berkshire
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sus_scrofa_breed_landrace
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Sus_scrofa_breed_largewhite,
|
||||
Sus_scrofa_breed_pietrain
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Catagonus_wagneri
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Camelus_dromedarius,
|
||||
Vicugna_pacos
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Ursus_maritimus,
|
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Ursus_americanus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Ailuropoda_melanoleuca_reference_isolate
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Neogale_vison,
|
||||
Mustela_putorius_furo
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Canis_lupus_familiaris_breed_Labrador_retriever,
|
||||
Canis_lupus_dingo
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Vulpes_vulpes
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Panthera_leo,
|
||||
Panthera_pardus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Panthera_tigris_altaica
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Felis_catus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cricetulus_griseus,
|
||||
Mesocricetus_auratus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Peromyscus_maniculatus_bairdii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Microtus_ochrogaster
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_spicilegus,
|
||||
Mus_spretus_strain_SPRET/EiJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_reference_CL57BL6_strain,
|
||||
Mus_musculus_strain_C57BL/6NJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_strain_NZO/HlLtJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_strain_A/J,
|
||||
Mus_musculus_strain_BALB/cJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_strain_C3H/HeJ,
|
||||
Mus_musculus_strain_CBA/J
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_strain_DBA/2J
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_strain_AKR/J
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_strain_FVB/NJ,
|
||||
Mus_musculus_strain_NOD/ShiLtJ
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_strain_129S1/SvImJ,
|
||||
Mus_musculus_strain_LP/J
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_domesticus_strain_WSB/EiJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_musculus_strain_PWK/PhJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_castaneus_strain_CAST/EiJ
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_caroli_strain_CAROLI_EIJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_pahari_strain_PAHARI_EIJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Rattus_norvegicus_strain_BN/NHsdMcwi
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Nannospalax_galili
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Jaculus_jaculus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Dipodomys_ordii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Chinchilla_lanigera,
|
||||
Cavia_porcellus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Heterocephalus_glaber
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Octodon_degus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Urocitellus_parryii,
|
||||
Ictidomys_tridecemlineatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Marmota_marmota_marmota
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sciurus_vulgaris
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Oryctolagus_cuniculus,
|
||||
Ochotona_princeps
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Tupaia_belangeri
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Pan_troglodytes,
|
||||
Pan_paniscus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Homo_sapiens
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Gorilla_gorilla_gorilla
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Pongo_abelii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Nomascus_leucogenys
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cercocebus_atys,
|
||||
Mandrillus_leucophaeus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Papio_anubis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Macaca_mulatta,
|
||||
Macaca_fascicularis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Macaca_nemestrina
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Chlorocebus_sabaeus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Rhinopithecus_roxellana,
|
||||
Rhinopithecus_bieti
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cebus_imitator,
|
||||
Saimiri_boliviensis_boliviensis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Callithrix_jacchus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Aotus_nancymaae
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Carlito_syrichta
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Prolemur_simus,
|
||||
Propithecus_coquereli
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Microcebus_murinus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Otolemur_garnettii
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Dasypus_novemcinctus,
|
||||
Choloepus_hoffmanni
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Loxodonta_africana,
|
||||
Procavia_capensis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Echinops_telfairi
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Vombatus_ursinus,
|
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Phascolarctos_cinereus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Notamacropus_eugenii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sarcophilus_harrisii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Monodelphis_domestica
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Ornithorhynchus_anatinus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Notechis_scutatus,
|
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Pseudonaja_textilis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Laticauda_laticaudata
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Naja_naja
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Anolis_carolinensis_reference_strain
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Salvator_merianae,
|
||||
Podarcis_muralis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Sphenodon_punctatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Gallus_gallus_reference_breed,
|
||||
Meleagris_gallopavo_reference_strain
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Coturnix_japonica
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Anas_platyrhynchos_platyrhynchos,
|
||||
Anser_brachyrhynchus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Aquila_chrysaetos_chrysaetos,
|
||||
Strigops_habroptila
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Serinus_canaria,
|
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Taeniopygia_guttata
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Geospiza_fortis
|
||||
)
|
||||
,
|
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Parus_major
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Ficedula_albicollis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Struthio_camelus_australis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Crocodylus_porosus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Gopherus_evgoodei,
|
||||
Chelonoidis_abingdonii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Terrapene_carolina_triunguis,
|
||||
Chrysemys_picta_bellii
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Pelodiscus_sinensis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Latimeria_chalumnae
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Callorhinchus_milii
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Saccharomyces_cerevisiae;
|
||||
@ -0,0 +1,461 @@
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Drosophila_melanogaster,
|
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Caenorhabditis_elegans
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Ciona_intestinalis,
|
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Ciona_savignyi
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Eptatretus_burgeri,
|
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Petromyzon_marinus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Danio_rerio,
|
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Astyanax_mexicanus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Poecilia_formosa,
|
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Xiphophorus_maculatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Oryzias_latipes
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Oreochromis_niloticus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Tetraodon_nigroviridis,
|
||||
Takifugu_rubripes
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Gasterosteus_aculeatus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Gadus_morhua
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Lepisosteus_oculatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cricetulus_griseus_chok1gshd,
|
||||
Cricetulus_griseus_crigri
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mesocricetus_auratus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Peromyscus_maniculatus_bairdii
|
||||
)
|
||||
,
|
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Microtus_ochrogaster
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus,
|
||||
Mus_musculus_BALB/cJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_C3H/HeJ,
|
||||
Mus_musculus_CBA/J
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_DBA/2J
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_AKR/J
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_FVB/NJ,
|
||||
Mus_musculus_NOD/ShiLtJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_domesticus_WSB/EiJ
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_129S1/SvImJ,
|
||||
Mus_musculus_LP/J
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Mus_musculus_reference_CL57BL6,
|
||||
Mus_musculus_C57BL/6NJ
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_NZO/HlLtJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_musculus_PWK/PhJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_musculus_castaneus_CAST/EiJ
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_spretus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_caroli
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Mus_pahari
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Rattus_norvegicus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Nannospalax_galili
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Jaculus_jaculus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Dipodomys_ordii
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Cavia_porcellus,
|
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Cavia_aperea
|
||||
)
|
||||
,
|
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Chinchilla_lanigera
|
||||
)
|
||||
,
|
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Octodon_degus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Heterocephalus_glaber_female,
|
||||
Heterocephalus_glaber_male
|
||||
)
|
||||
,
|
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Fukomys_damarensis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Ictidomys_tridecemlineatus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
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Oryctolagus_cuniculus,
|
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Ochotona_princeps
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Tupaia_belangeri
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Pan_troglodytes,
|
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Pan_paniscus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Homo_sapiens
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Gorilla_gorilla
|
||||
)
|
||||
,
|
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Pongo_abelii
|
||||
)
|
||||
,
|
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Nomascus_leucogenys
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Cercocebus_atys,
|
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Mandrillus_leucophaeus
|
||||
)
|
||||
,
|
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Papio_anubis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Macaca_fascicularis,
|
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Macaca_mulatta
|
||||
)
|
||||
,
|
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Macaca_nemestrina
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Chlorocebus_sabaeus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Rhinopithecus_roxellana,
|
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Rhinopithecus_bieti
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Colobus_angolensis_palliatus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Cebus_capucinus,
|
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Saimiri_boliviensis_boliviensis
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Callithrix_jacchus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Aotus_nancymaae
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Carlito_syrichta
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Microcebus_murinus,
|
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Propithecus_coquereli
|
||||
)
|
||||
,
|
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Otolemur_garnettii
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Erinaceus_europaeus,
|
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Sorex_araneus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Sus_scrofa,
|
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Vicugna_pacos
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Ovis_aries,
|
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Capra_hircus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Bos_taurus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Tursiops_truncatus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Equus_caballus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Ailuropoda_melanoleuca,
|
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Mustela_putorius_furo
|
||||
)
|
||||
,
|
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Canis_familiaris
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
Panthera_pardus,
|
||||
Panthera_tigris_altaica
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
Felis_catus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
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Pteropus_vampyrus,
|
||||
Myotis_lucifugus
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
Dasypus_novemcinctus,
|
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Choloepus_hoffmanni
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Loxodonta_africana,
|
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Procavia_capensis
|
||||
)
|
||||
,
|
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Echinops_telfairi
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
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Sarcophilus_harrisii,
|
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Notamacropus_eugenii
|
||||
)
|
||||
,
|
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Monodelphis_domestica
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Ornithorhynchus_anatinus
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
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Gallus_gallus,
|
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Meleagris_gallopavo
|
||||
)
|
||||
,
|
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Anas_platyrhynchos
|
||||
)
|
||||
,
|
||||
(
|
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Ficedula_albicollis,
|
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Taeniopygia_guttata
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Pelodiscus_sinensis
|
||||
)
|
||||
,
|
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Anolis_carolinensis
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Xenopus_tropicalis
|
||||
)
|
||||
,
|
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Latimeria_chalumnae
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
|
||||
)
|
||||
,
|
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Saccharomyces_cerevisiae
|
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)
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|
||||
A [tree-sitter](https://tree-sitter.github.io/tree-sitter/) grammar for the [Newick (nh, nwk)](https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format) and [New Hampshire X (nhx)](https://www.cs.mcgill.ca/~birch/birchhomedir/java/forester/NHX.pdf) formats for trees representation.
|
||||
|
||||
# Example
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||||
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||||
## NHX source
|
||||
|
||||
```
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
ADH2:0.1[&&NHX:S=human:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH1:0.11[&&NHX:S=human:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.05[&&NHX:S=Primates:E=1.1.1.1:D=Y:B=100],
|
||||
ADHY:0.1[&&NHX:S=nematode:E=1.1.1.1],
|
||||
ADHX:0.12[&&NHX:S=insect:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.1[&&NHX:S=Metazoa:E=1.1.1.1:D=N],
|
||||
(
|
||||
ADH4:0.09[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH3:0.13[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH2:0.12[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH1:0.11[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.1[&&NHX:S=Fungi]
|
||||
)[&&NHX:E=1.1.1.1:D=N];
|
||||
```
|
||||
|
||||
## tree-sitter-newick highlighting
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
## Syntax tree
|
||||
|
||||
```
|
||||
(source_file [0, 0] - [16, 0]
|
||||
(tree [0, 0] - [15, 23]
|
||||
clade: (clade [0, 0] - [15, 22]
|
||||
clade: (clade [1, 4] - [8, 40]
|
||||
clade: (clade [2, 8] - [5, 52]
|
||||
leaf: (leaf [3, 12] - [3, 45]
|
||||
name: (name [3, 12] - [3, 16])
|
||||
attributes: (attributes [3, 16] - [3, 45]
|
||||
length: (length [3, 17] - [3, 20]
|
||||
(float [3, 17] - [3, 20]))
|
||||
data: (data [3, 20] - [3, 45]
|
||||
entry: (nhx_entry [3, 26] - [3, 34]
|
||||
key: (nhx_val [3, 27] - [3, 28])
|
||||
value: (nhx_val [3, 29] - [3, 34]))
|
||||
entry: (nhx_entry [3, 34] - [3, 44]
|
||||
key: (nhx_val [3, 35] - [3, 36])
|
||||
value: (nhx_val [3, 37] - [3, 44])))))
|
||||
leaf: (leaf [4, 12] - [4, 46]
|
||||
name: (name [4, 12] - [4, 16])
|
||||
attributes: (attributes [4, 16] - [4, 46]
|
||||
length: (length [4, 17] - [4, 21]
|
||||
(float [4, 17] - [4, 21]))
|
||||
data: (data [4, 21] - [4, 46]
|
||||
entry: (nhx_entry [4, 27] - [4, 35]
|
||||
key: (nhx_val [4, 28] - [4, 29])
|
||||
value: (nhx_val [4, 30] - [4, 35]))
|
||||
entry: (nhx_entry [4, 35] - [4, 45]
|
||||
key: (nhx_val [4, 36] - [4, 37])
|
||||
value: (nhx_val [4, 38] - [4, 45])))))
|
||||
...
|
||||
```
|
||||
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||
{
|
||||
"targets": [
|
||||
{
|
||||
"target_name": "tree_sitter_newick_binding",
|
||||
"include_dirs": [
|
||||
"<!(node -e \"require('nan')\")",
|
||||
"src"
|
||||
],
|
||||
"sources": [
|
||||
"bindings/node/binding.cc",
|
||||
"src/parser.c",
|
||||
# If your language uses an external scanner, add it here.
|
||||
],
|
||||
"cflags_c": [
|
||||
"-std=c99",
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
@ -0,0 +1,28 @@
|
||||
#include "tree_sitter/parser.h"
|
||||
#include <node.h>
|
||||
#include "nan.h"
|
||||
|
||||
using namespace v8;
|
||||
|
||||
extern "C" TSLanguage * tree_sitter_newick();
|
||||
|
||||
namespace {
|
||||
|
||||
NAN_METHOD(New) {}
|
||||
|
||||
void Init(Local<Object> exports, Local<Object> module) {
|
||||
Local<FunctionTemplate> tpl = Nan::New<FunctionTemplate>(New);
|
||||
tpl->SetClassName(Nan::New("Language").ToLocalChecked());
|
||||
tpl->InstanceTemplate()->SetInternalFieldCount(1);
|
||||
|
||||
Local<Function> constructor = Nan::GetFunction(tpl).ToLocalChecked();
|
||||
Local<Object> instance = constructor->NewInstance(Nan::GetCurrentContext()).ToLocalChecked();
|
||||
Nan::SetInternalFieldPointer(instance, 0, tree_sitter_newick());
|
||||
|
||||
Nan::Set(instance, Nan::New("name").ToLocalChecked(), Nan::New("newick").ToLocalChecked());
|
||||
Nan::Set(module, Nan::New("exports").ToLocalChecked(), instance);
|
||||
}
|
||||
|
||||
NODE_MODULE(tree_sitter_newick_binding, Init)
|
||||
|
||||
} // namespace
|
||||
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||
try {
|
||||
module.exports = require("../../build/Release/tree_sitter_newick_binding");
|
||||
} catch (error1) {
|
||||
if (error1.code !== 'MODULE_NOT_FOUND') {
|
||||
throw error1;
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
module.exports = require("../../build/Debug/tree_sitter_newick_binding");
|
||||
} catch (error2) {
|
||||
if (error2.code !== 'MODULE_NOT_FOUND') {
|
||||
throw error2;
|
||||
}
|
||||
throw error1
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
try {
|
||||
module.exports.nodeTypeInfo = require("../../src/node-types.json");
|
||||
} catch (_) {}
|
||||
@ -0,0 +1,40 @@
|
||||
fn main() {
|
||||
let src_dir = std::path::Path::new("src");
|
||||
|
||||
let mut c_config = cc::Build::new();
|
||||
c_config.include(&src_dir);
|
||||
c_config
|
||||
.flag_if_supported("-Wno-unused-parameter")
|
||||
.flag_if_supported("-Wno-unused-but-set-variable")
|
||||
.flag_if_supported("-Wno-trigraphs");
|
||||
let parser_path = src_dir.join("parser.c");
|
||||
c_config.file(&parser_path);
|
||||
|
||||
// If your language uses an external scanner written in C,
|
||||
// then include this block of code:
|
||||
|
||||
/*
|
||||
let scanner_path = src_dir.join("scanner.c");
|
||||
c_config.file(&scanner_path);
|
||||
println!("cargo:rerun-if-changed={}", scanner_path.to_str().unwrap());
|
||||
*/
|
||||
|
||||
c_config.compile("parser");
|
||||
println!("cargo:rerun-if-changed={}", parser_path.to_str().unwrap());
|
||||
|
||||
// If your language uses an external scanner written in C++,
|
||||
// then include this block of code:
|
||||
|
||||
/*
|
||||
let mut cpp_config = cc::Build::new();
|
||||
cpp_config.cpp(true);
|
||||
cpp_config.include(&src_dir);
|
||||
cpp_config
|
||||
.flag_if_supported("-Wno-unused-parameter")
|
||||
.flag_if_supported("-Wno-unused-but-set-variable");
|
||||
let scanner_path = src_dir.join("scanner.cc");
|
||||
cpp_config.file(&scanner_path);
|
||||
cpp_config.compile("scanner");
|
||||
println!("cargo:rerun-if-changed={}", scanner_path.to_str().unwrap());
|
||||
*/
|
||||
}
|
||||
@ -0,0 +1,52 @@
|
||||
//! This crate provides newick language support for the [tree-sitter][] parsing library.
|
||||
//!
|
||||
//! Typically, you will use the [language][language func] function to add this language to a
|
||||
//! tree-sitter [Parser][], and then use the parser to parse some code:
|
||||
//!
|
||||
//! ```
|
||||
//! let code = "";
|
||||
//! let mut parser = tree_sitter::Parser::new();
|
||||
//! parser.set_language(tree_sitter_newick::language()).expect("Error loading newick grammar");
|
||||
//! let tree = parser.parse(code, None).unwrap();
|
||||
//! ```
|
||||
//!
|
||||
//! [Language]: https://docs.rs/tree-sitter/*/tree_sitter/struct.Language.html
|
||||
//! [language func]: fn.language.html
|
||||
//! [Parser]: https://docs.rs/tree-sitter/*/tree_sitter/struct.Parser.html
|
||||
//! [tree-sitter]: https://tree-sitter.github.io/
|
||||
|
||||
use tree_sitter::Language;
|
||||
|
||||
extern "C" {
|
||||
fn tree_sitter_newick() -> Language;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/// Get the tree-sitter [Language][] for this grammar.
|
||||
///
|
||||
/// [Language]: https://docs.rs/tree-sitter/*/tree_sitter/struct.Language.html
|
||||
pub fn language() -> Language {
|
||||
unsafe { tree_sitter_newick() }
|
||||
}
|
||||
|
||||
/// The content of the [`node-types.json`][] file for this grammar.
|
||||
///
|
||||
/// [`node-types.json`]: https://tree-sitter.github.io/tree-sitter/using-parsers#static-node-types
|
||||
pub const NODE_TYPES: &'static str = include_str!("../../src/node-types.json");
|
||||
|
||||
// Uncomment these to include any queries that this grammar contains
|
||||
|
||||
// pub const HIGHLIGHTS_QUERY: &'static str = include_str!("../../queries/highlights.scm");
|
||||
// pub const INJECTIONS_QUERY: &'static str = include_str!("../../queries/injections.scm");
|
||||
// pub const LOCALS_QUERY: &'static str = include_str!("../../queries/locals.scm");
|
||||
// pub const TAGS_QUERY: &'static str = include_str!("../../queries/tags.scm");
|
||||
|
||||
#[cfg(test)]
|
||||
mod tests {
|
||||
#[test]
|
||||
fn test_can_load_grammar() {
|
||||
let mut parser = tree_sitter::Parser::new();
|
||||
parser
|
||||
.set_language(super::language())
|
||||
.expect("Error loading newick language");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 89 KiB |
@ -0,0 +1,16 @@
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
(
|
||||
ADH2:0.1[&&NHX:S=human:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH1:0.11[&&NHX:S=human:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.05[&&NHX:S=Primates:E=1.1.1.1:D=Y:B=100],
|
||||
ADHY:0.1[&&NHX:S=nematode:E=1.1.1.1],
|
||||
ADHX:0.12[&&NHX:S=insect:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.1[&&NHX:S=Metazoa:E=1.1.1.1:D=N],
|
||||
(
|
||||
ADH4:0.09[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH3:0.13[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH2:0.12[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1],
|
||||
ADH1:0.11[&&NHX:S=yeast:E=1.1.1.1]
|
||||
):0.1[&&NHX:S=Fungi]
|
||||
)[&&NHX:E=1.1.1.1:D=N];
|
||||
@ -0,0 +1 @@
|
||||
(s:0.3,:0.4);
|
||||
@ -0,0 +1,9 @@
|
||||
(A);
|
||||
(,,(,));
|
||||
(A,B,(C,D));
|
||||
(A,B,(C,D)E)F;
|
||||
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5);
|
||||
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5):0.0;
|
||||
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4):0.5);
|
||||
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F;
|
||||
((B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F:0.1)A;
|
||||
@ -0,0 +1,31 @@
|
||||
module.exports = grammar({
|
||||
name: "newick",
|
||||
|
||||
rules: {
|
||||
source_file: $ => repeat($.tree),
|
||||
tree: $ => seq($._node, ";"),
|
||||
_node: $ => choice(field("leaf", $.leaf), field("clade", $.clade)),
|
||||
leaf: $ => choice(
|
||||
field("attributes", $.attributes),
|
||||
seq(field("name", $.name), optional(field("attributes", $.attributes))),
|
||||
),
|
||||
clade: $ => seq(
|
||||
"(",
|
||||
optional($._node),
|
||||
repeat(seq(",", optional($._node))),
|
||||
")", optional($.name), optional($.attributes)
|
||||
),
|
||||
attributes: $ => choice(
|
||||
seq(":", field("length", $.length)),
|
||||
seq(optional(seq(":", field("length", $.length))), field("data", $.data))
|
||||
),
|
||||
data: $ => seq("[&&NHX", repeat1(field("entry", $.nhx_entry)), "]"),
|
||||
nhx_entry: $ => seq(":", field("key", $.nhx_val), "=", optional(field("value", $.nhx_val))),
|
||||
length: $ => $.float,
|
||||
|
||||
_data_safe: $ => /[^:,;()\[\]=\s]+/,
|
||||
nhx_val: $ => repeat1($._data_safe),
|
||||
float: $ => /\d(_?\d)*(\.\d)?(_?\d)*([eE][\+-]?\d(_?\d)*)?/,
|
||||
name: $ => /[^:,;()\[\]\s]+/,
|
||||
}
|
||||
});
|
||||
@ -0,0 +1,47 @@
|
||||
{
|
||||
"name": "tree-sitter-newick",
|
||||
"version": "1.0.0",
|
||||
"lockfileVersion": 2,
|
||||
"requires": true,
|
||||
"packages": {
|
||||
"": {
|
||||
"name": "tree-sitter-newick",
|
||||
"version": "1.0.0",
|
||||
"license": "MIT",
|
||||
"dependencies": {
|
||||
"nan": "^2.17.0"
|
||||
},
|
||||
"devDependencies": {
|
||||
"tree-sitter-cli": "^0.20.7"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"node_modules/nan": {
|
||||
"version": "2.17.0",
|
||||
"resolved": "https://registry.npmjs.org/nan/-/nan-2.17.0.tgz",
|
||||
"integrity": "sha512-2ZTgtl0nJsO0KQCjEpxcIr5D+Yv90plTitZt9JBfQvVJDS5seMl3FOvsh3+9CoYWXf/1l5OaZzzF6nDm4cagaQ=="
|
||||
},
|
||||
"node_modules/tree-sitter-cli": {
|
||||
"version": "0.20.7",
|
||||
"resolved": "https://registry.npmjs.org/tree-sitter-cli/-/tree-sitter-cli-0.20.7.tgz",
|
||||
"integrity": "sha512-MHABT8oCPr4D0fatsPo6ATQ9H4h9vHpPRjlxkxJs80tpfAEKGn6A1zU3eqfCKBcgmfZDe9CiL3rKOGMzYHwA3w==",
|
||||
"dev": true,
|
||||
"hasInstallScript": true,
|
||||
"bin": {
|
||||
"tree-sitter": "cli.js"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"dependencies": {
|
||||
"nan": {
|
||||
"version": "2.17.0",
|
||||
"resolved": "https://registry.npmjs.org/nan/-/nan-2.17.0.tgz",
|
||||
"integrity": "sha512-2ZTgtl0nJsO0KQCjEpxcIr5D+Yv90plTitZt9JBfQvVJDS5seMl3FOvsh3+9CoYWXf/1l5OaZzzF6nDm4cagaQ=="
|
||||
},
|
||||
"tree-sitter-cli": {
|
||||
"version": "0.20.7",
|
||||
"resolved": "https://registry.npmjs.org/tree-sitter-cli/-/tree-sitter-cli-0.20.7.tgz",
|
||||
"integrity": "sha512-MHABT8oCPr4D0fatsPo6ATQ9H4h9vHpPRjlxkxJs80tpfAEKGn6A1zU3eqfCKBcgmfZDe9CiL3rKOGMzYHwA3w==",
|
||||
"dev": true
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@ -0,0 +1,31 @@
|
||||
{
|
||||
"name": "tree-sitter-newick",
|
||||
"version": "1.0.0",
|
||||
"description": "A tree-sitter grammar for newick (extended) files",
|
||||
"main": "grammar.js",
|
||||
"scripts": {
|
||||
"test": "echo \"Error: no test specified\" && exit 1"
|
||||
},
|
||||
"repository": {
|
||||
"type": "git",
|
||||
"url": "git+https://github.com/delehef/tree-sitter-newick.git"
|
||||
},
|
||||
"author": "Franklin Delehelle",
|
||||
"license": "MIT",
|
||||
"bugs": {
|
||||
"url": "https://github.com/delehef/tree-sitter-newick/issues"
|
||||
},
|
||||
"homepage": "https://github.com/delehef/tree-sitter-newick#readme",
|
||||
"dependencies": {
|
||||
"nan": "^2.17.0"
|
||||
},
|
||||
"devDependencies": {
|
||||
"tree-sitter-cli": "^0.20.7"
|
||||
},
|
||||
"tree-sitter": [
|
||||
{
|
||||
"scope": "source.newick",
|
||||
"file-types": ["nh", "nhx", "nwk"]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
@ -0,0 +1,8 @@
|
||||
"(" @punctuation.bracket
|
||||
")" @punctuation.bracket
|
||||
"[&&NHX" @punctuation.bracket
|
||||
"]" @punctuation.bracket
|
||||
|
||||
(name) @function
|
||||
(length) @number
|
||||
(nhx_entry key: (nhx_val) @keyword value: (nhx_val) @string.special)
|
||||
@ -0,0 +1,9 @@
|
||||
{ pkgs ? import <nixpkgs> {} }:
|
||||
|
||||
pkgs.mkShell {
|
||||
buildInputs = [
|
||||
pkgs.cargo pkgs.rust-analyzer pkgs.rustc pkgs.rustfmt pkgs.clippy
|
||||
pkgs.nodejs pkgs.tree-sitter pkgs.emscripten
|
||||
pkgs.nodePackages.typescript pkgs.nodePackages.typescript-language-server
|
||||
];
|
||||
}
|
||||
@ -0,0 +1,317 @@
|
||||
{
|
||||
"name": "newick",
|
||||
"rules": {
|
||||
"source_file": {
|
||||
"type": "REPEAT",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "tree"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"tree": {
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "_node"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ";"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"_node": {
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "leaf",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "leaf"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "clade",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "clade"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"leaf": {
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "attributes",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "attributes"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "name",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "name"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "attributes",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "attributes"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"clade": {
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": "("
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "_node"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "REPEAT",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ","
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "_node"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ")"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "name"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "attributes"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"attributes": {
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ":"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "length",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "length"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ":"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "length",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "length"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "data",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "data"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"data": {
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": "[&&NHX"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "REPEAT1",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "entry",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "nhx_entry"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": "]"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"nhx_entry": {
|
||||
"type": "SEQ",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": ":"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "key",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "nhx_val"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "STRING",
|
||||
"value": "="
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "CHOICE",
|
||||
"members": [
|
||||
{
|
||||
"type": "FIELD",
|
||||
"name": "value",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "nhx_val"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "BLANK"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"length": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "float"
|
||||
},
|
||||
"_data_safe": {
|
||||
"type": "PATTERN",
|
||||
"value": "[^:,;()\\[\\]=\\s]+"
|
||||
},
|
||||
"nhx_val": {
|
||||
"type": "REPEAT1",
|
||||
"content": {
|
||||
"type": "SYMBOL",
|
||||
"name": "_data_safe"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"float": {
|
||||
"type": "PATTERN",
|
||||
"value": "\\d(_?\\d)*(\\.\\d)?(_?\\d)*([eE][\\+-]?\\d(_?\\d)*)?"
|
||||
},
|
||||
"name": {
|
||||
"type": "PATTERN",
|
||||
"value": "[^:,;()\\[\\]\\s]+"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"extras": [
|
||||
{
|
||||
"type": "PATTERN",
|
||||
"value": "\\s"
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"conflicts": [],
|
||||
"precedences": [],
|
||||
"externals": [],
|
||||
"inline": [],
|
||||
"supertypes": []
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -0,0 +1,237 @@
|
||||
[
|
||||
{
|
||||
"type": "attributes",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"data": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "data",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"length": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "length",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "clade",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"clade": {
|
||||
"multiple": true,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "clade",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"leaf": {
|
||||
"multiple": true,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"children": {
|
||||
"multiple": true,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "attributes",
|
||||
"named": true
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "name",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "data",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"entry": {
|
||||
"multiple": true,
|
||||
"required": true,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "nhx_entry",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"attributes": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "attributes",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"name": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "name",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "length",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {},
|
||||
"children": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": true,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "float",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "nhx_entry",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"key": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": true,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "nhx_val",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"value": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "nhx_val",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "nhx_val",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "source_file",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {},
|
||||
"children": {
|
||||
"multiple": true,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "tree",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "tree",
|
||||
"named": true,
|
||||
"fields": {
|
||||
"clade": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "clade",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"leaf": {
|
||||
"multiple": false,
|
||||
"required": false,
|
||||
"types": [
|
||||
{
|
||||
"type": "leaf",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "(",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": ")",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": ",",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": ":",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": ";",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "=",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "[&&NHX",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "]",
|
||||
"named": false
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "float",
|
||||
"named": true
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"type": "name",
|
||||
"named": true
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -0,0 +1,224 @@
|
||||
#ifndef TREE_SITTER_PARSER_H_
|
||||
#define TREE_SITTER_PARSER_H_
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
extern "C" {
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#include <stdbool.h>
|
||||
#include <stdint.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
|
||||
#define ts_builtin_sym_error ((TSSymbol)-1)
|
||||
#define ts_builtin_sym_end 0
|
||||
#define TREE_SITTER_SERIALIZATION_BUFFER_SIZE 1024
|
||||
|
||||
typedef uint16_t TSStateId;
|
||||
|
||||
#ifndef TREE_SITTER_API_H_
|
||||
typedef uint16_t TSSymbol;
|
||||
typedef uint16_t TSFieldId;
|
||||
typedef struct TSLanguage TSLanguage;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
TSFieldId field_id;
|
||||
uint8_t child_index;
|
||||
bool inherited;
|
||||
} TSFieldMapEntry;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
uint16_t index;
|
||||
uint16_t length;
|
||||
} TSFieldMapSlice;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
bool visible;
|
||||
bool named;
|
||||
bool supertype;
|
||||
} TSSymbolMetadata;
|
||||
|
||||
typedef struct TSLexer TSLexer;
|
||||
|
||||
struct TSLexer {
|
||||
int32_t lookahead;
|
||||
TSSymbol result_symbol;
|
||||
void (*advance)(TSLexer *, bool);
|
||||
void (*mark_end)(TSLexer *);
|
||||
uint32_t (*get_column)(TSLexer *);
|
||||
bool (*is_at_included_range_start)(const TSLexer *);
|
||||
bool (*eof)(const TSLexer *);
|
||||
};
|
||||
|
||||
typedef enum {
|
||||
TSParseActionTypeShift,
|
||||
TSParseActionTypeReduce,
|
||||
TSParseActionTypeAccept,
|
||||
TSParseActionTypeRecover,
|
||||
} TSParseActionType;
|
||||
|
||||
typedef union {
|
||||
struct {
|
||||
uint8_t type;
|
||||
TSStateId state;
|
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bool extra;
|
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bool repetition;
|
||||
} shift;
|
||||
struct {
|
||||
uint8_t type;
|
||||
uint8_t child_count;
|
||||
TSSymbol symbol;
|
||||
int16_t dynamic_precedence;
|
||||
uint16_t production_id;
|
||||
} reduce;
|
||||
uint8_t type;
|
||||
} TSParseAction;
|
||||
|
||||
typedef struct {
|
||||
uint16_t lex_state;
|
||||
uint16_t external_lex_state;
|
||||
} TSLexMode;
|
||||
|
||||
typedef union {
|
||||
TSParseAction action;
|
||||
struct {
|
||||
uint8_t count;
|
||||
bool reusable;
|
||||
} entry;
|
||||
} TSParseActionEntry;
|
||||
|
||||
struct TSLanguage {
|
||||
uint32_t version;
|
||||
uint32_t symbol_count;
|
||||
uint32_t alias_count;
|
||||
uint32_t token_count;
|
||||
uint32_t external_token_count;
|
||||
uint32_t state_count;
|
||||
uint32_t large_state_count;
|
||||
uint32_t production_id_count;
|
||||
uint32_t field_count;
|
||||
uint16_t max_alias_sequence_length;
|
||||
const uint16_t *parse_table;
|
||||
const uint16_t *small_parse_table;
|
||||
const uint32_t *small_parse_table_map;
|
||||
const TSParseActionEntry *parse_actions;
|
||||
const char * const *symbol_names;
|
||||
const char * const *field_names;
|
||||
const TSFieldMapSlice *field_map_slices;
|
||||
const TSFieldMapEntry *field_map_entries;
|
||||
const TSSymbolMetadata *symbol_metadata;
|
||||
const TSSymbol *public_symbol_map;
|
||||
const uint16_t *alias_map;
|
||||
const TSSymbol *alias_sequences;
|
||||
const TSLexMode *lex_modes;
|
||||
bool (*lex_fn)(TSLexer *, TSStateId);
|
||||
bool (*keyword_lex_fn)(TSLexer *, TSStateId);
|
||||
TSSymbol keyword_capture_token;
|
||||
struct {
|
||||
const bool *states;
|
||||
const TSSymbol *symbol_map;
|
||||
void *(*create)(void);
|
||||
void (*destroy)(void *);
|
||||
bool (*scan)(void *, TSLexer *, const bool *symbol_whitelist);
|
||||
unsigned (*serialize)(void *, char *);
|
||||
void (*deserialize)(void *, const char *, unsigned);
|
||||
} external_scanner;
|
||||
const TSStateId *primary_state_ids;
|
||||
};
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Lexer Macros
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#define START_LEXER() \
|
||||
bool result = false; \
|
||||
bool skip = false; \
|
||||
bool eof = false; \
|
||||
int32_t lookahead; \
|
||||
goto start; \
|
||||
next_state: \
|
||||
lexer->advance(lexer, skip); \
|
||||
start: \
|
||||
skip = false; \
|
||||
lookahead = lexer->lookahead;
|
||||
|
||||
#define ADVANCE(state_value) \
|
||||
{ \
|
||||
state = state_value; \
|
||||
goto next_state; \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define SKIP(state_value) \
|
||||
{ \
|
||||
skip = true; \
|
||||
state = state_value; \
|
||||
goto next_state; \
|
||||
}
|
||||
|
||||
#define ACCEPT_TOKEN(symbol_value) \
|
||||
result = true; \
|
||||
lexer->result_symbol = symbol_value; \
|
||||
lexer->mark_end(lexer);
|
||||
|
||||
#define END_STATE() return result;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Parse Table Macros
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#define SMALL_STATE(id) id - LARGE_STATE_COUNT
|
||||
|
||||
#define STATE(id) id
|
||||
|
||||
#define ACTIONS(id) id
|
||||
|
||||
#define SHIFT(state_value) \
|
||||
{{ \
|
||||
.shift = { \
|
||||
.type = TSParseActionTypeShift, \
|
||||
.state = state_value \
|
||||
} \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#define SHIFT_REPEAT(state_value) \
|
||||
{{ \
|
||||
.shift = { \
|
||||
.type = TSParseActionTypeShift, \
|
||||
.state = state_value, \
|
||||
.repetition = true \
|
||||
} \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#define SHIFT_EXTRA() \
|
||||
{{ \
|
||||
.shift = { \
|
||||
.type = TSParseActionTypeShift, \
|
||||
.extra = true \
|
||||
} \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#define REDUCE(symbol_val, child_count_val, ...) \
|
||||
{{ \
|
||||
.reduce = { \
|
||||
.type = TSParseActionTypeReduce, \
|
||||
.symbol = symbol_val, \
|
||||
.child_count = child_count_val, \
|
||||
__VA_ARGS__ \
|
||||
}, \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#define RECOVER() \
|
||||
{{ \
|
||||
.type = TSParseActionTypeRecover \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#define ACCEPT_INPUT() \
|
||||
{{ \
|
||||
.type = TSParseActionTypeAccept \
|
||||
}}
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#endif // TREE_SITTER_PARSER_H_
|
||||
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